Montecristo nằm ở phía đông của biển Tyrrhenia, phía nam đảo Elba, phía tây của đảo Giglio và bán đảo Monte Argentario, phía đông nam đảo Pianosa và phía đông của đảo đá Scoglio d'Africa (còn được gọi là Formica di Monte Cristo).

Hòn đảo được hình thành bởi sự tăng giảm phập phồng của một phiến đá núi lửa ngầm pluton lớn, có hình dáng gần giống một elip, với một số những gờ đá tăng dần lên từ biển. Hòn đảo bao gồm hầu như toàn bộ là đá Granodiorit với các tinh thể lớn Orthoclas.[9] Các dãy núi hình thành đảo có ba đỉnh núi chính: Monte della Fortezza (645 mét), Cima del Colle Fondo (621 mét) và Cima dei Lecci (563 mét).[1] Montecristo chỉ có một bến cảng tự nhiên là Cala Maestra, ở phía tây bắc.[1] Hòn đảo có nguồn nước dồi dào.

Cũng giống như tất cả các đảo khác của quần đảo Toscana, Montecristo có khí hậu ôn hòa, với những cơn gió biển, nhiều nắng, và lượng mưa rất ít (trung bình hàng năm dưới 500 mm); khí hậu được đặc trưng bởi mùa đông có mưa và mùa hè có lượng mưa vừa phải, nóng và khô, nhưng đôi khi rất oi bức.[1]